Pada kasus pencemaran air,  tantangan yang paling berat adalah pengelolaan limbah yang berasal dari sumber yang tersebar (non point sources). Sumber pencemaran tersebut antara lain berasal dari daerah pertanian (limbah pupuk dan pestisida), wilayah urban (berbagai macam sampah),  daerah pembangunan (sedimen padatan), tempat pembuangan sampah, dan lain sebagainya. Limbah dari sumber yang tersebar tersebut seringkali sukar untuk diidentifikasi, apalagi dikontrol.

Pengaruh pencemaran dan cara mengatasinya, yaitu:

Tanda–tanda pencemaran air dapat lihat secara :

1. Fisis, yaitu pada kejernihan air, perubahan suhu, perubahan rasa, dan perubahan warna air. 
2. Kimia, yaitu adanya zat kimia yang terlarut dan perubahan pH. 
3. Biologi, yaitu, adanya mikroorganisme di dalam air tersebut.

Akibat pencemaran air :

1. Zat yang memperkaya perairan sehingga merangsang pertumbuhan mikroorganisme. Limbah yang terkandung dalam air dapat membusuk sehingga pada air menimbulkan bau yang tidak sedap. Akibatnya kadar oksigen dalam air berkurang sehingga mengganggu makhluk hidup air lainnya. Sampah organik pada air akan mengalami penguraian melepaskan nitrat dan fosfat yang merangsang mikroorganisme seperti ganggang akan tumbuh subur sehingga akan menutupi ekosistem air. Peristiwa ini disebut eutrofikasi. 
2. Zat-zat yang bersifat racun akan membunuh organisme yang hidup di air Zat yang bersifat racun contohnya pestisida yang penggunaannya secara berlebihan sisanya dapat sampai lingkungan air. Karena sisa pertisida itu sulit diuraikan oleh mikroorganisme. Hal ini akan memyebabkan turunnya kandungan oksigen dalam air tersebut Dampak penggunaan pestisida disebut biological magnification yaitu pelipatgandaan bahan pencemar pada organisme dari organisme tingkat rendah ke organisme tingkat tinggi dengan kadar polutannya juga semakin tinggi.

Bagaimanakah upaya yang ditempuh untuk mengatasi pencemaran air?

Upayamengatasi pencemaran air dilakukan sebagai berikut :

1. Pengelola industri wajib membuat unit pengelolaan limbah (UPL). 
2. Menggunakan pupuk buatan dan pestida sesuai dengan dosis yang dianjurkan. 
3. Di rumah tangga wajib membuat unit pengelolaan sederhana.